Il s'agit d'un procédé biologique apparenté à l´auto-épuration naturelle des eaux par percolation dans un sol filtrant, doté de racines, et colonisé de microorganismes (bactéries).

L´action des plantes contribue à la perméabilité du sol, à son aération, et à un échange biochimique (engrais et évapo-transpiration).

Généralement les eaux usées sont pré-épurées mécaniquement (fosse septique ou fosse de décantation du type Emscher) avant leur écoulement dans le lit macrophytique.

Le système épuratoire par plantes requiert quelque 3 à 6 m2 de surface plantée par équivalent-habitant (EH), de sorte qu´il est essentiellement adapté à des installations de petite taille, surtout pour les systèmes autonomes.